W większości przypadków diagnostycznego zastosowania dopplerografii ultrasonograficznej należy wykonać ją za pomocą dopplerografii przezczaszkowej. Wyjątkiem od tej reguły są osoby o niewydolnych lub całkowicie nieobecnych oknach "czasowych", a także pacjenci, którzy nie są w stanie wykonać przezczaszkowej dopplerografii z innych przyczyn (7-12% ogólnej liczby badanych).