Najczęstszymi wskazaniami do przeszczepu rogówki są: keratopatia pęcherzowa (pseudofakijna, dystrofia śródbłonka Fuchsa, bezsoczewkowa), stożek rogówki, przeszczep ponownej tkanki, zapalenie rogówki (wirusowe, bakteryjne, grzybicze, wywołane przez Acanthamoeba, perforacja) oraz dystrofie podścieliska rogówki.