Najczęstszymi wskazaniami do przeszczepu rogówki są keratopatia pęcherzowa (pseudofakijna, dystrofia śródbłonka Fuchsa, bezsoczewkowa), stożek rogówki, przeszczep tkanki wtórnej, zapalenie rogówki (wirusowe, bakteryjne, grzybicze, wywołane przez Acanthamoeba, perforacyjne) oraz dystrofie podścieliska rogówki.