Oznaczanie przeciwciał przeciwko frakcji mikrosomalnej tarczycy jest stosowane do diagnozowania autoimmunologicznego zapalenia tarczycy i niedoczynności tarczycy, w których wzrasta poziom przeciwciał we krwi. Przeciwciała do mikrosomów tarczycy tworzą kompleksy immunologiczne na powierzchni komórki, aktywują dopełniacz i cytotoksyczne limfocyty, co prowadzi do zniszczenia komórki i powstania procesu zapalnego w tarczycy.