Wszystkie probiotyki dzielą się na kilka grup w zależności od tego, co leży u podstaw klasyfikacji. Probiotyk może zawierać kilka składników, w tym względzie wyróżnia się preparaty jednoskładnikowe, które mają tylko jeden konkretny typ bakterii. Te mikroorganizmy są niewątpliwie przydatne dla jelit, w szczególności dla mikroflory.