MRI bada stan struktur mózgu w zależności od ich kształtu, wielkości i gęstości tkanki. Należy wziąć pod uwagę, że MRI odzwierciedla gęstość tkanki w zależności od zawartości wody w nich, a zatem, przede wszystkim, ujawniają się takie zmiany, jak obrzęk-obrzmienie mózgu (ONGM), choroby demielinizacyjne, nowotwory.