Leczenie zakażenia meningokokami zależy od klinicznej postaci choroby. W przypadku zapalenia nosogardła terapia jest objawowa. Jeśli diagnoza zostanie potwierdzona bakteriologicznie, należy stosować penicylinę benzylową, ampicylinę, generację cefalosporyn I-II, chloramfenikol, pefloksacynę w średnich dawkach terapeutycznych przez 3 dni. Nie stosować ko-trimoksazolu, aminoglikozydów, w przypadku których większość obecnych szczepów meningokoków jest stabilna.