Leczenie zakażenia meningokokowego zależy od postaci klinicznej choroby. W przypadku zapalenia nosogardła stosuje się leczenie objawowe. Jeśli rozpoznanie zostanie potwierdzone bakteriologicznie, stosuje się benzylopenicylinę, ampicylinę, cefalosporyny pierwszej i drugiej generacji, chloramfenikol, pefloksacynę w średnich dawkach terapeutycznych przez 3 dni. Nie należy stosować kotrimoksazolu i aminoglikozydów, na które większość obecnie występujących szczepów meningokoków jest oporna.