Rozpoznanie kliniczne jest wiarygodne tylko w przypadku zapalenia płuc płatowego, jednak prawdopodobieństwo etiologii pneumokokowej pozaszpitalnego zapalenia płuc, zapalenia ucha środkowego, zapalenia zatok wynosi 60-80°. Rozpoznanie można zweryfikować wyłącznie na podstawie wyników badania mikrobiologicznego odpowiedniego biosubstratu: w przypadku nieżytu nosa - wydzielina z nosa (rozmaz), w przypadku zapalenia ucha środkowego, zapalenia zatok - wysięk ropny, w przypadku zapalenia płuc - plwocina, w przypadku zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych - płyn mózgowo-rdzeniowy.