Pień mózgu jest przedłużeniem rdzenia kręgowego w kierunku rostralnym. Warunkową granicą między nimi jest miejsce, w którym wyłaniają się pierwsze korzenie szyjne i skrzyżowanie piramidowe. Pień mózgu dzieli się na tyłomózgowie i śródmózgowie. Pierwszy obejmuje rdzeń przedłużony, most i móżdżek. Jego kontynuacją jest śródmózgowie, składające się z ciał czworobocznych i szypuł mózgowych, graniczące z międzymózgowiem (wzgórze, podwzgórze, podwzgórze).