Pień mózgu to przedłużenie rdzenia kręgowego w kierunku rostralnym. Warunkowa granica między nimi to miejsce, w którym wychodzą pierwsze korzenie szyjne i krzyż piramid. Pień dzieli się na mózg tylny i środkowy. Pierwsza obejmuje rdzeń przedłużony, most mózgu i móżdżek. Jego kontynuacją jest środkowy mózg, składający się z czworaczków i nóg mózgowych i graniczący z pośrednim mózgiem (wzgórze, podwzgórze, podwzgórze).