Klinicznie rozpoznanie shigellozy można ustalić jedynie w przypadkach typowej odmiany kolitycznej choroby. Aby doprecyzować rozpoznanie w przypadkach niepotwierdzonych badaniami laboratoryjnymi, wykonuje się rektoskopię, która we wszystkich przypadkach shigellozy ujawnia obraz zapalenia okrężnicy (nieżytowego, krwotocznego lub erozjno-wrzodziejącego) z uszkodzeniem błony śluzowej dystalnego odcinka jelita grubego, często zapaleniem zwieracza.