Objawy złego wchłaniania witaminy B12 rozwijają się od pierwszych miesięcy życia dziecka. Zauważają słabość, bladość, opóźnienie w rozwoju fizycznym, biegunkę. Po 6-30 miesiącach od pojawienia się pierwszych objawów obserwuje się zaburzenia neurologiczne: upośledzenie umysłowe, neuropatię, mielopatię.